Si has trabajado con templates de terceros en tus WordPress verás que todos tienen en sus archivos header.php y footer.php las funciones wp_head() y wp_footer() respectivamente. Ahora, que si no los has visto has estado usando plantilla de gente que no sabe muy bien armar plantillas.
Esas dos funciones no pueden faltar en una plantilla si es que tienes pensado usar plugins o si quieres crear tus propios códigos. Lo que pasa es que estas funciones sirven para que mediante código desde el functions.php o plugins se pueda meter código directamente en el tema. Si las funciones no están presentes, plugins como contact form 7 no podrá funcionar correctamente ya que no tendrían forma de insertar el código CSS y JS en tu plantilla para su respectivo funcionamiento.
Para usarlos correctamente basta que en tu archivo header.php agregues la función dentro de la etiqueta <head></head>. Yo prefiero ponerlo debajo de la etiqueta <title></title> para que mediente mi propio CSS pueda «chancar» alguno de esos estilos:
<?php wp_head(); ?>
Y para el footr es igual, solo que aquí casi siempre es mejor ponerlo justo antes de cerrar el </body>:
<?php wp_footer(); ?>
Si en algún momento vez que un plugin no te responde bien en el front (plantilla) revisa si están estas funciones, si esa no es la solución puede ser la compatibilidad con tu propio código, ahí si tendrás que comentar algunos archivos JS y ver cuál esta haciendo conflicto.
Si tienes alguna otra duda, puedes dejarlo en los comentarios.